Dane kontaktowe
ul. W.K. Roentgena 5
02-781 Warszawa
Wejście F, piętro 8
INFORMACJE OGÓLNE
O Pracowni
Pracownia Biologii Nowotworów prowadzi badania naukowe i translacyjne obejmujące mechanizmy nowotworzenia, poszukiwanie biomarkerów nowotworowych oraz opracowywanie modeli nowotworów in vitro w oparciu o technologię biodruku 3D. Przedmiotem analiz są kodujące i niekodujące RNA, warianty genetyczne oraz metylacja DNA, białka oraz metabolity w tkankach, komórkach i płynach ustrojowych (osocze, surowica, płyn mózgowo-rdzeniowy, mocz), m.in. od pacjentów z rakiem: endometrium, jajnika, jądra, płuca i chłoniakami, oraz w liniach komórkowych i modelach 3D. Badane są nie tylko komórki nowotworowe, ale przede wszystkim mikrośrodowisko i otoczenie guzów oraz zmiany ogólnoustrojowe. Modele 3D pozwalają analizować interakcje w środowisku guza, oceniać skuteczność terapii, mechanizmy lekooporności i wspierają indywidualizację leczenia. Dodatkowo prowadzimy bank komórek i tkanek w ciekłym azocie. Ponadto uczestniczymy w tworzeniu map dowodów naukowych jako podstawy klasyfikacji nowotworów WHO.
KIEROWNICTWO PRACOWNI
Kierownik Pracowni
dr hab. n. med., prof. Instytutu
Magdalena Chechlińska
Nasz Zespół
- dr hab. n. med. Jan Konrad Siwicki
- dr n. med. Mariusz Kulińczak
- dr n. med. Agata Kurzyk
- dr n. med. Maria Sromek
- dr n. med. Michalina Zajdel
- mgr Urszula Krajewska
- mgr Kateryna Maslova
- inż. Grzegorz Chojnowski
- mgr Łukasz Taraszkiewicz
- st. techn. analityki Anna Leonowicz
- Anna Szulczyk
Realizowane projekty grantowe
- (2025–2026) SN/MGW6/2025 Minigrant NIO-PIB „Biodrukowane modele 3D jako narzędzie do badania radiowrażliwości komórek mikrośrodowiska guzów nowotworowych.” (kierownik: Urszula Krajewska)
- (2025–2026) SN/MGW17/2025 Minigrant NIO-PIB „Optymalizacja metod krioprezerwacji biodrukowanych modeli 3D skóry w zastosowaniach biomedycznych.” (kierownik: Patrycja Wołoszyn, realizowany przez Biobank i Pracownię Biologii Nowotworów)
- (2024–2026) Grant Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego 881/2024 „Modelowanie architektury naczyń krwionośnych raka płaskonabłonkowego skóry (cSCC) in vitro w oparciu o technologię biodruku 3D”. (kierownik: Agata Kurzyk)
- (2024-2025) SN/MGW17/2024 Minigrant NIO-PIB: „Profil metabolitów u pacjentów z guzami zarodkowymi jądra przed orchidektomią.” (kierownik: Michalina Zajdel)
- (2023-2025) The Swedish Cancer Society grant „DNA methylation alterations during T-cell immortalization.” Umeå University, Sweden (kierownik: Sophie Degerman, współpraca: Jan Konrad Siwicki)
- (2023-2024) Minigrant NIO-PIB nr SN/MGW011/2023: „Zintegrowana analiza zmian molekularnych w morfologicznie prawidłowych komórkach w otoczeniu guza w raku trzonu macicy w poszukiwaniu nowych biomarkerów onkologicznych.” (kierownik: Mariusz Kulińczak)
- (2022–2026) 101057127 — WCT EVI MAP, HORIZON-HLTH-2021-CARE-05: Mapping the Evidence for the WHO Classification of Tumours: a Living Evidence Gap Map by Tumour Type (WCT EVI MAP) (kierownik pakietu zadań realizowanego w NIO – PIB: Magdalena Chechlińska). https://wct-evi-map.iarc.who.int/
- (2020–2024) 2020/37/B/NZ5/04215 „Kompleksowa charakterystyka mikrośrodowiska granicznych, wysoko zróżnicowanych oraz nisko zróżnicowanych surowiczych guzów jajnika w kontekście cech kliniczno-patologicznych, w oparciu o sekwencjonowanie nowej generacji” (kierownik: Łukasz Szafron).
- (2021–2024) Grant Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego 300/2021: „Opracowanie nowatorskiego modelu mikrośrodowiska raka płaskonabłonkowego skóry w oparciu o technologię biodruku trójwymiarowego (3D) i ocena odpowiedzi na cetuksymab” (kierownik: Agata Kurzyk).
- (2020–2022) SN/GW018/2020 Grant wewnętrzny NIO – PIB: „Zintegrowana analiza zmian molekularnych w morfologicznie prawidłowych komórkach w otoczeniu guza w raku trzonu macicy w poszukiwaniu nowych biomarkerów onkologicznych” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
- (2020–2022) SN/GW/005/2020 Grant wewnętrzny NIO – PIB: „Analiza ekspresji długich niekodujących RNA (ang. long non-coding RNA, lncRNA) w rakach jajnika, jako potencjalnych, nowych markerów wczesnej diagnostyki, wskaźników rokowniczych i predykcyjnych” (kierownik: Magdalena Chechlińska).
- (2020–2022) SN/GW/019/2020 Grant wewnętrzny NIO – PIB: „Charakterystyka molekularna metylomów guzów granicznych jajnika oraz wysoko i nisko zróżnicowanych raków jajnika typu surowiczego”(kierownik: Piotr Sobiczewski, realizacja w Pracowni Biologii Nowotworów).
- (2019–2022) Grant Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego 658/19: „Profil mikroRNA w osoczu chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca przed leczeniem i po usunięciu guza” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
- (2018–2020) Grant Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego 103/18: „Badanie ekspresji długich niekodujących RNA w rakach jajnika metodą sekwencjonowania następnej generacji” (kierownik: Magdalena Chechlińska)
Publikacje naukowe
- Szostakowska-Rodzoś M, Chmielarczyk M, Zacharska W, Fabisiewicz A, Kurzyk A, Myśliwy I, Kozaryna Z, Postek E, Grzybowska EA. Plasticity of Expression of Stem Cell and EMT Markers in Breast Cancer Cells in 2D and 3D Culture Depend on the Spatial Parameters of Cell Growth; Mathematical Modeling of Mechanical Stress in Cell Culture in Relation to ECM Stiffness. Bioengineering 2025; 12(2):147. https://doi.org/10.3390/bioengineering12020147
- Sromek, M., Głogowski, M., Chechlińska, M., Kulińczak, M., Zajdel, M., Żeber-Lubecka, N., Bałabas, A., Szafron, Ł. M., Kulecka, M., Siwicki, J. K. (2025). Persistent and novel changes in plasma microRNA profiles in patients with non-small cell lung cancer following tumour resection. Transl Lung Cancer Res 2025; 14(3), 677–706. doi: 10.21037/tlcr-24-626.
- Zajdel M, Szafron ŁM, Paziewska A, Rymkiewicz G, Dąbrowska M, Bystydzieński Z, Kulińczak M, Grygalewicz B, Sromek M, Błachnio K, Kulecka M, Hajdyła F, Goryca K, Chechlińska M, Siwicki JK. microRNA Profile of High-Grade B-Cell Lymphoma with 11q Aberration. Int J Mol Sci 2024; 26(1):285. doi: 10.3390/ijms26010285.
- Kurzyk A, Szumera-Ciećkiewicz A, Miłoszewska J, Chechlinska M. 3D modeling of normal skin and cutaneous squamous cell carcinoma. A comparative study in 2D cultures, spheroids, and 3D bioprinted systems. Biofabrication 2024;16(2). doi: 10.1088/1758-5090/ad2b06
- Colling R, Indave I, Del Aguila J, Jimenez RC, Campbell F, Chechlińska M, Kowalewska M, Holdenrieder S, Trulson I, Worf K, Pollán M, Plans-Beriso E, Pérez-Gómez B, Craciun O, García-Ovejero E, Michałek IM, Maslova K, Rymkiewicz G, Didkowska J, Tan PH, Md Nasir ND, Myles N, Goldman-Lévy G, Lokuhetty D, Cree IA. A New Hierarchy of Research Evidence for Tumor Pathology: A Delphi Study to Define Levels of Evidence in Tumor Pathology. Mod Pathol 2024; 37(1):100357. doi: 10.1016/j.modpat.2023.100357.
- Colling R, Indave I, Del Aguilla J, Cierco Jimenez R, Campbell F, Chechlinska M, Kowalewska M, Holdenrieder S, Trulson I, Worf K, Pollán M, Plans-Beriso E, Pérez-Gómez B, Craciun O, García-Ovejero E, Michalek IM, Maslova K, Rymkiewicz G, Didkowska J, Tan PH, Diyana Bte Md Nasir N, Myles N, Giesen C, Goldman-Lévy G, Lokuhetty D, Cree IA. Moving Forward on Tumor Pathology Research Reporting: A Guide for Pathologists From the World Health Organization Classification of Tumors Living Evidence Gap Map by Tumour Type Group. Mod Pathol 2024;37(7):100515. doi: 10.1016/j.modpat.2024.100515.
- Kurzyk A, Szwed-Georgiou A, Pagacz J, Antosik A, Tymowicz-Grzyb P, Gerle A, Szterner P, Włodarczyk M, Płociński P, Urbaniak MM, Rudnicka K, Biernat M. Calcination and ion substitution improve physicochemical and biological properties of nanohydroxyapatite for bone tissue engineering applications. Sci Rep 2023;13(1):15384. doi: 10.1038/s41598-023-42271-2.
- Del Aguila Mejía J, Armon S, Campbell F, Colling R, Chechlinska M, Kowalewska M, Pollán M, Holdenrieder S, Tan PH, Cree I, Indave Ruiz BI. Understanding the use of evidence in the WHO Classification of Tumours: a protocol for an evidence gap map of the classification of tumours of the lung. BMJ Open 2022;12(10):e061240. doi: 10.1136/bmjopen-2022-061240.
- Kulinczak M, Sromek M, Panek G, Zakrzewska K, Lotocka R, Szafron LM, Chechlinska M, Siwicki JK. Endometrial Cancer-Adjacent Tissues Express Higher Levels of Cancer-Promoting Genes than the Matched Tumors. Genes (Basel) 2022;13(9):1611. doi: 10.3390/genes13091611.
- Dansonka-Mieszkowska A, Szafron LA, Kulesza M, Stachurska A, Leszczynski P, Tomczyk-Szatkowska A, Sobiczewski P, Parada J, Kulinczak M, Moes-Sosnowska J, Pienkowska-Grela B, Kupryjanczyk J, Chechlinska M, Szafron LM. PROM1, CXCL8, RUNX1, NAV1 and TP73 genes as independent markers predictive of prognosis or response to treatment in two cohorts of high-grade serous ovarian cancer patients. PLoS One 2022;17(7):e0271539. doi: 10.1371/journal.pone.0271539.
- Podobas, E. I., Gutowska-Owsiak, D., Moretti, S., Poznański, J., Kulińczak, M., Grynberg, M., Gruca, A., Bonna, A., Płonka, D., Frączyk, T., Ogg, G., & Bal, W. (2022). Ni2+-Assisted Hydrolysis May Affect the Human Proteome; Filaggrin Degradation Ex Vivo as an Example of Possible Consequences. Front Mol Biosci, 2022;9, 828674. doi: 10.3389/fmolb.2022.828674
- Gnocchi D, Kurzyk A, Mintrone A, Lentini G, Sabbà C, Mazzocca A. Inhibition of LPAR6 overcomes sorafenib resistance by switching glycolysis into oxidative phosphorylation in hepatocellular carcinoma. Biochimie 2022;S0300-9084(22)00192-4. doi: 10.1016/j.biochi.2022.07.016.
- Kurzyk A. Mesenchymal Stem Cell Seeding on 3D Scaffolds. Methods Mol Biol. 2022; 2429:417-434. doi: 10.1007/978-1-0716-1979-7_28.
- Kasprzak M, Szabłowska A, Kurzyk A, Tymowicz-Grzyb P, Najmrodzki A, Woźniak A, Antosik A, Pagacz J, Szterner P, Plichta A, Wieciński P, Rusek-Wala P, Krupa A, Płociński P, Rudnicka K, Biernat M. Effects of Sterilization and Hydrolytic Degradation on the Structure, Morphology and Compressive Strength of Polylactide-Hydroxyapatite Composites. Int J Mol Sci. 2022;23(18):10454. doi: 10.3390/ijms231810454
- Sromek M, Rymkiewicz G, Paziewska A, Szafron LM, Kulecka M, Zajdel M, Kulinczak M, Dabrowska M, Balabas A, Bystydzienski Z, Chechlinska M, Siwicki JK. A Set of 17 microRNAs Common for Brain and Cerebrospinal Fluid Differentiates Primary Central Nervous System Lymphoma from Non-Malignant Brain Tumors. Biomolecules 2021;11(9):1395. doi: 10.3390/biom11091395.
- Ostrowska B, Rymkiewicz G, Chechlinska M, Blachnio K, Domanska-Czyz K, Bystydzienski Z, Romejko-Jarosinska J, Borysiuk A, Rybski S, Michalski W, Walewski J. Prognostic Value of the Immunological Subtypes of Adolescent and Adult T-Cell Lymphoblastic Lymphoma; an Ultra-High-Risk Pro-T/CD2(-) Subtype. Cancers (Basel) 2021;13(8):1911. doi: 10.3390/cancers13081911.
- Zięba S, Chechlińska M, Kowalik A, Kowalewska M. Genes, pathways and vulvar carcinoma – New insights from next-generation sequencing studies. Gynecol Oncol 2020;158(2):498-506. doi: 10.1016/j.ygyno.2020.05.034.
- Dębski T, Kurzyk A, Ostrowska B, Wysocki J, Jaroszewicz J, Święszkowski W, Pojda Z. Scaffold vascularization method using an adipose-derived stem cells (ASCs)-seeded scaffold prefabricated with a flow-through pedicle. Stem Cell Research & Therapy. Stem Cell Res Ther. 2020;11(1):34. https://doi.org/10.1186/s13287-019-1535-z