W Narodowym Instytucie Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie - Państwowym Instytucie Badawczym funkcjonuje i stale jest doskonalony Wewnętrzny System Zarządzania Jakością i Bezpieczeństwem zgodny z wymaganiami Ustawy o jakości w opiece zdrowotnej i bezpieczeństwie pacjenta, norm PN-EN ISO 9001:2015 System zarządzania jakością oraz PN-EN ISO 14001:2015 Systemy zarządzania środowiskowego i innymi mającymi zastosowanie, a także standardami akredytacyjnymi. Jednostką certyfikacyjną, która udzieliła rekomendacji i przyznała certyfikaty jest Det Norske Veritas (DNV).