Zakład Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów

Kierownik Zakładu

• dr n. med. Andrzej Tysarowski, MBA

Pracownicy:

Adinkci:

• dr n. med. Agnieszka Dansonka-Mieszkowska,
• dr n. przyr. Iwona Rzepecka,
• dr n. med. Andrzej Tysarowski

Specjaliści laboratoryjnej genetyki medycznej:

• dr n. med. Andrzej Tysarowski,

• dr n. med. Agnieszka Dansonka-Mieszkowska,

• dr n. med. Aneta Janiec-Jankowska,

• dr n. med. Ewa Kwiatkowska,

• dr n. przyr. Iwona Rzepecka,

• dr n. med. Anna Stachurska

Diagności laboratoryjni:

• mgr Magdalena Grabowska-Kierył,

• mgr Anna Grzelak,

• mgr Agnieszka Jenike,

• dr n. przyr. Bożena Konopka,

• mgr Kinga Koszucka, mgr Paweł Leszczyński,

• mgr Martyna Łukasik, mgr Urszula Piekarska, 

• mgr Katarzyna Olszewska,

• dr n. med. Katarzyna Seliga,

• mgr Aneta Wojnowska,

• mgr Renata Zub

Biolodzy/biotechnolodzy:

• mgr Agata Dalka,

• mgr Karolina Drabot-Zacharek,

• mgr Alicja Gołofit,

• dr n. med. Aleksandra Gos,

• inż. biotech. Renata Łotocka, 

• mgr Kinga Kierzkowska,

• mgr Aleksandra Nowak,

• mgr Agnieszka Podgórska,

• lic. Paulina Rokicka,

• mgr Agata Wdowiak

Technicy:

• St. tech. Ewa Cybulska,

• tech. Karolina Duda,

• St. tech. analityki med. Iwona Tyszer-Kowalczyk

Dane kontaktowe:

Opis zakładu:

Zakład Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów obejmuje zespół doświadczonych specjalistów z zakresu laboratoryjnej genetyki medycznej, diagnostów laboratoryjnych, biologów i biotechnologów oraz zespół pracowników technicznych ukierunkowanych na wykonywanie diagnostycznych i naukowych badań genetycznych mających na celu identyfikację mutacji germinalnych  i  somatycznych oraz określenie ich roli w patogenezie procesu nowotworzenia.

Genetyczna diagnostyka nowotworów wykonywana w Zakładzie za pomocą technik biologii molekularnej umożliwia:

• Różnicowanie nowotworów,
• Kwalifikację pacjentów do terapii celowanych oraz monitorowanie przebiegu procesu leczenia,
• Wykrycie predyspozycji dziedzicznych oraz określenie ryzyka rozwoju danego nowotworu, która stanowi podstawę do objęcia poradnictwem genetycznym i wdrożenia profilaktyki u rodzin podwyższonego ryzyka.

W skład Zakładu Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów wchodzą następujące jednostki:

• Pracownia Genotypowania i Sekwencjonowania Masowego,
• Laboratorium Cytogenetyki Molekularnej Guzów Litych FISH,
• Pracownia Badań Predyspozycji Genetycznych Nowotworów,
• Pracownia Wdrażania i Walidacji Molekularnych Technik Diagnostycznych,
• Pracownia Badań COVID-19 i HPV.

Zakład jest wpisany do rejestru Krajowej Izby Diagnostów Laboratoryjnych – KIDL 2826.

W obszarze badań genetycznych guzów litych Zakład prowadzi diagnostykę w m.in. następujących nowotworach:

Zakład Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów przeprowadza badania genetyczne w kierunku oceny zmian w genach BRCA1 i BRCA2 oraz zaburzeń systemu rekombinacji homologicznej (HRD) w celu kwalifikacji pacjentek z zaawansowanym rakiem jajnika do terapii celowanej z zastosowaniem inhibitorów PARP. Ponadto, Zakład wykonuję badanie na obecność fuzji genu receptorowej kinazy tyrozynowej dla neurotrofin (NTRK), metodą sekwencjonowania następnej generacji (NGS, next-generation sequencing) wymaganego w przypadku realizacji programu lekowego „Leczenie pacjentów z guzami litymi z fuzją genu receptorowej kinazy tyrozynowej dla neurotrofin (NTRK).

Pracownia Badań Predyspozycji Genetycznych Nowotworów wykonuje przede wszystkim oznaczenia genów: BRCA1, BRCA2, APC, ATM, BAP1, BARD1, BMPR1A, BRIP1, CDH1, CDKN2A p16, CHEK2, DICER1, EPCAM, FLCN, GREM1, KIT, KRAS, MEN1, MET, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NTHL1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, PTCH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, RB1, RET, RNF43, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, STK11, SUFU, TP53, TSC1, TSC2, VHL i innych. Na przełomie kilku ostatnich lat zostało przebadanych ponad 20000 pacjentów skierowanych z Poradni Genetycznej NIO-PIB i innych ośrodków medycznych, jak również w ramach zleceń indywidualnych.

Badania molekularne prowadzone są z wykorzystaniem nowoczesnych technik biologii molekularnej tj. sekwencjonowania następnej generacji (NGS), sekwencjonowania bezpośredniego metodą Sangera, pirosekwencjonowania, MLPA, qPCR, ddPCR i innych modyfikacji reakcji PCR.

Wykonywane procedury diagnostyczne są zwalidowane i poddawane regularnym wewnętrznym i zewnętrznym kontrolom jakości badań genetycznych. Pracownia uczestniczy w następujących międzynarodowych kontrolach jakości:

• EMQN (European Molecular Genetics Quality Network)
• Certyfikat PTGC (Polskie Towarzystwo Genetyki Człowieka)
• UK NEQAS Molecular Genetics (United Kingdom National External Quality Assessment Service)
• GenQa (Genomic Quality Assessment)
• QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics)
• COLON External Quality Assessment (EQA) oraz Lung External Quality Assessment (EQA) organizowanego przez European Society of Pathology.

W wyniku badań prowadzonych z udziałem Zakładu Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów w Narodowym Instytucie Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie – Państwowym Instytucie Badawczym, jako pierwsza jednostka w Polsce wprowadziła molekularne badania diagnostyczne w kierunku kwalifikacji pacjentów do terapii celowanej w GIST, przerzutującym raku jelita grubego, niedrobnokomórkowym raku płuca, czy czerniaku do rutynowego zastosowania.

Zakład Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów:

• Opracował i wdrożył standardy dotyczące przygotowania materiału archiwalnego (bloczków parafinowych i preparatów cytologicznych) do diagnostyki molekularnej,
• Zoptymalizował i wystandaryzował testy genetyczne do wiarygodnej oceny badanych zaburzeń genetycznych,
• Przeprowadził pierwszy ogólnopolski proces walidacji laboratoriów zajmujących się wykonywaniem badań onkogenetycznych (rezultaty zostały opublikowane w dwóch pracach w czasopiśmie „Onkologia w Praktyce Klinicznej”).

Jednostki Zakładu wyposażone są w nowoczesny sprzęt do badań molekularnych w tym m.in. aparaturę zakupioną dzięki „Narodowemu Programowi Zwalczania Chorób Nowotworowych – Zakup aparatury diagnostycznej dla wczesnego wykrywania nowotworów” programowi zdrowotnemu Ministerstwa Zdrowia. Są to m.in.: sekwenatory następnej generacji (NGS), sekwenatory kapilarne, systemy PCR/qPCR/ddPCR, bioanalizator, systemy do automatycznej izolacji kwasów nukleinowych, systemy do przygotowywania bibliotek genomowych.

Specjaliści zatrudnieni w Zakładzie są autorami i współautorami polsko- i anglojęzycznych publikacji naukowych oraz wykonawcami projektów naukowych (m.in. finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki i Agencję Badań Medycznych).

Zakład współpracuje ze wszystkimi klinikami Narodowego Instytutu Onkologii w Warszawie oraz z licznymi jednostkami zewnętrznymi.

Wybrane publikacje naukowe:

• Recommendations of the Polish Sarcoma Group on diagnostic-therapeutic procedures and control in patients with type 1 neurofibromatosis (NF1) and the associated malignant neoplasm of peripheral nerve sheaths. Piotr Rutkowski, Anna Raciborska, Agnieszka Szumera-Ciećkiewicz, Paweł Sobczuk, Mateusz Spałek, Hanna Koseła-Paterczyk, Iwona Ługowska, Katarzyna Bilska, Monika Gos, Janusz Ryś, Ewa Chmielik, Andrzej Tysarowski, Konrad Zaborowski, Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Patrycja Castaneda-Wysocka, Donata Makuła, Marcin Zdzienicki, Marcin Ziętek, Piotr Fonrobert, Kamil Dolecki, Marek Dedecjus, Anna Czarnecka; Nowotwory Journal of Oncology, vol. 72, nr 2, 2022, ss. 106 – 128, DOI:10.5603/NJO.2022.0018

• Diagnostic Utility of Genetic and Immunohistochemical H3- 3A Mutation Analysis in Giant Cell Tumour of Bone. Michał Wągrodzki, Andrzej Tysarowski, Seliga, Aneta Wojnowska, Maria Stepaniuk, Patrycja Castañeda Wysocka, Donata Makuła, Andrzej Pieńkowski, Bartłomiej Szostakowski, Renata Zub, Piotr Rutkowski; International Journal of Molecular Sciences, vol. 23, nr 2, 2022, ss. 1-10, DOI:10.3390/ijms23020969

• Thoracic neoplasms. Maciej Krzakowski, Jacek Jassem, Adam Antczak, Katarzyna Blasinska-Przerwa, Joanna Chorostowska-Wynimko, Rafał Dziadziuszko, Maciej Głogowski, Tomasz Grodzki, Dariusz Kowalski, Rafał Krenke, Renata Langfort, Wojciech Olszewski, Tadeusz Orłowski, Paweł Śliwiński, Andrzej Tysarowski, Witold Rzyman, Marek Woźniewski; Oncology in Clinical Practice, vol. 18, nr 1, 2022, ss. 1-39, DOI:10.5603/OCP.2021.0022

• Diagnostyka z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji (NGS) w mięsakach — rekomendacje. Piotr Rutkowski, Monika Prochorec-Sobieszek, Michał Wągrodzki, Katarzyna Seliga, Maciej Krzakowski, Anna M. Czarnecka, Tomasz Świtaj, Andrzej Kawecki, Anna Raciborska, Andrzej Tysarowski; Onkol Prakt Klin Edu 2020;6(1):1-8.

• Quality and practical aspects of pathological and molecular diagnostics in metastatic colorectal cancer (mCRC). Andrzej Tysarowski, Anna Nasierowska-Guttmejer. Contemp. Oncol. (Pozn) 2018; 22 (2): 75=85. Online publish date: 2018-06-30, DOI: https://doi.org/10.5114/wo.2018.77047.

• RAS mutation prevalence among patients with metastatic colorectal cancer: a meta-analysis of real-world data. Kafatos G, Niepel D, Lowe K, Jenkins-Anderson S, Westhead H, Garawin T, Traugottová Z, Bilalis A, Molnar E, Timar J, Toth E, Gouvas N, Papaxoinis G, Murray S, Mokhtar N, Vosmikova H, Fabian P, Skalova A, Wójcik P, Tysarowski A, Barugel M, van Krieken JH, Trojan J. Biomark Med. 2017 Jul 27. doi: 10.2217/bmm-2016-0358.

• Comparison between two widely used laboratory methods in BRAF V600 mutation detection in a large cohort of clinical samples of cutaneous melanoma metastases to the lymph nodes. Jurkowska M, Gos A, Ptaszyński K, Michej W, Tysarowski A, Zub R, Siedlecki JA, Rutkowski P. Int J Clin Exp Pathol. 2015 Jul 1;8(7):8487-93.

• EGFR mutation testing on cytological and histological samples in non-small cell lung cancer: a Polish, single institution study and systematic review of European incidence. Szumera-Ciećkiewicz A, Olszewski WT, Tysarowski A, Kowalski DM, Głogowski M, Krzakowski M, Siedlecki JA, Wągrodzki M, Prochorec-Sobieszek M.Int J Clin Exp Pathol. 2013 Nov 15;6(12):2800-12. eCollection 2013. Review.

• Walidacja wybranych ośrodków zaangażowanych w diagnostykę molekularną chorób nowotworowych w zakresie oznaczania mutacji w genie EGFR1. Tysarowski A, Kowalski D, Kowalczuk O. (2011) Onkol. Prakt. Klin., 7, 3, 138–145.

• Walidacja wybranych technik molekularnych oznaczania mutacji w kodonie 12 i 13 genu K-RAS przeprowadzona w pięciu ośrodkach badawczo-naukowych Polski Andrzej Tysarowski, Anna Fabisiewicz, Iwona Kolasa, Jolanta Kupryjańczyk, Dorota Ścieglińska, Marek Rusin, Zdzisław Krawczyk, Agnieszka Woźniak, Lucyna Morzuch, Janusz Limon, Oksana Kowalczuk, Lech Chyczewski, Piotr Wójcik, Jerzy Stachura , Karolina Wieruszewska-Kowalczyk, Monika Pokrzepa, Włodzimierz P. Olszewski, Marek P. Nowacki, Janusz A. Siedlecki Onkologia w praktyce klinicznej; Tom 4 nr 6 r. 2008/2009.